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【醫學PPT課件】基因結構與功能分析技術 生物化學與分子生物學

和帽分析基因表達,技術。目錄三用數據庫搜索利用對寡核苷酸帽法構建的全長文庫?末端測序所得的數據信息建立了個數據庫并在此基礎上,通過將寡核苷酸帽法和大量平行測序技術相結合開發了種測序法,從而實現了次測試可產生個的數據。目錄三基因啟動子結構分析技術用結合測序技術分析啟動子結構該方法最為簡單和直接,即根據基因的啟動子序列,設計對引物,然后以法擴增啟動子,經測序分析啟動子序列結構。目錄二用核酸蛋白質相互作用技術分析啟動子結構用足跡法分析啟動子中潛在的調節蛋白結合位點足跡法是利用電泳條帶連續性中斷的圖譜特點判斷與蛋白質結合的區域,它是研究核酸蛋白質相互作用的方法,而不是專門用于研究啟動子結構的方法。分類酶足跡法化學足跡法目錄用核酸酶進行足跡分析酶足跡法是利用酶處理蛋白質復合物,然后通過電泳分析蛋白質結合序列。常用的酶有酶和核酸外切酶。目錄用化學試劑進行足跡分析化學足跡法是利用能切斷骨架的化學試劑處理蛋白質復合物,由于化學試劑無法接近結合了蛋白質的區域,因此在電泳上形成空白區域的位置就是結合蛋白的結合位點。最常用的化學足跡法是羥自由基足跡法。目錄用電泳遷移率變動分析和染色質免疫沉淀技術鑒定啟動子電泳遷移率變動分析和染色質免疫沉淀只能確定序列中含有核蛋白結合位點,故尚需結合足跡實驗和測序等技術來確定具體結合序列。目錄三用生物信息學預測啟動子用啟動子數據庫和啟動子預測算法定義啟動子在定義啟動子或預測分析啟動子結構時應包括啟動子區域的個部分核心啟動子近端啟動子含有幾個調控元件的區域,其范圍般涉及上游幾百個堿基遠端啟動子范圍涉及上游幾千個堿基,含有增強子和沉默子等元件。目錄預測啟動子的其他結構特征啟動子區域的其他結構特征包括含量比率轉錄因子結合位點堿基組成及核心啟動子元件等。用于啟動子預測的數據庫數據庫,主要預測真核聚合酶Ⅱ型啟動子,數據庫中的所有啟動子數據信息都經過實驗證實是個轉錄調控區數據庫,數據來源于已發表的科學論文。目錄四基因編碼序列分析技術用文庫法分析基因編碼序列克隆測序或構建文庫是最早分析基因編碼序列的方法。全長文庫可以通過的結構特征進行判斷,的序列基本都由部分組成,即?編碼序列和?。末端快速擴增技術是高效釣取未知基因編碼序列的種方法。核酸雜交法可從文庫中獲得特定基因編碼序列的克隆。目錄二用剪接分析法確定基因編碼序列高通量分析剪接的方法基于芯片的分析法交聯免疫沉淀法體外報告基因測定法選擇性剪接的轉錄產物可以通過包括免疫組織化學和免疫細胞化學實驗,二者原理相同,都是用標記的抗體在組織細胞原位對目標抗原目標蛋白質多肽進行定性定量定位檢測。四用流式細胞術分析表達特異蛋白質的陽性細胞流式細胞術通常利用熒光標記抗體與抗原的特異性結合,經流式細胞儀分析熒光信號,根據細胞表達特定蛋白質的水平對種蛋白質陽性細胞做出判斷。目錄五用蛋白質芯片和雙向電泳高通量分析蛋白質多肽表達水平用蛋白質芯片分析蛋白質多肽的表達譜根據制作方法和用途不同,可將其分為蛋白質檢測和功能芯片兩大類。蛋白質檢測芯片包括抗體芯片抗原芯片配體芯片等,它是將具有高親和力的特異性探針分子固定在基片上,用以識別生物樣品溶液中的目標多肽蛋白質功能芯片可用來研究蛋白質修飾蛋白質蛋白質∕蛋白質∕蛋白質,以及蛋白質與脂質蛋白質與藥物酶與底物蛋白質小分子等的相互作用。目錄蛋白質芯片可用于檢測組織∕細胞來源的樣品中蛋白質的表達譜其精確程度信息范疇取決于芯片上已知多肽的信息多寡。用雙向電泳分析蛋白質多肽表達譜雙向電泳可同時分離成百上千的蛋白質,對差異表達的蛋白質進行鑒定。目錄第三節基因的生物學功能鑒定技術目錄用功能獲得策略鑒定基因功能基因功能獲得策略的本質是將目的基因直接導入細胞或個體中,使其獲得新的或更高水平的表達,通過細胞或個體生物性狀的變化來研究基因功能。方法轉基因技術基因敲入技術目錄用轉基因技術獲得基因功能轉基因技術是指將外源基因導入受精卵或胚胎干細胞,即細胞,通過隨機重組使外源基因插入細胞染色體,隨后將受精卵或細胞植入假孕受體動物的子宮,使得外源基因能夠隨細胞分裂遺傳給后代。轉基因動物是指應用轉基因技術培育出的攜帶外源基因,并能穩定遺傳的動物,其制備步驟主要包括轉基因表達載體的構建外源基因的導入和鑒定轉基因動物的獲得和鑒定轉基因動物品系的繁育等。轉基因小鼠最為常見。目錄目錄二用基因敲入技術獲得基因的功能基因敲入是通過同源重組的方法,用基因替換另基因,或將個設計好的基因片段插入到基因組的特定位點,使之表達并發揮作用。通過基因敲入可以研究特定基因在體內的功能也可以與之前的基因的功能進行比較或將正?;蛞牖蚪M中置換突變基因以達到靶向基因治療的目的。目錄基因敲入是基因打靶技術的種?;虼虬惺欠N按預期方式準確改造生物遺傳信息的實驗手段。除基因敲入外,基因打靶還包括基因敲除點突變缺失突變染色體大片段刪除等?;虼虬信c轉基因技術均可用于基因功能研究,但二者的最大區別就是基因打靶能去除和或替換生物體內的固有基因,而轉基因技術則未去除或替換固有基因。目前,基因打靶已成為研究基因功能最直接和最有效的方法之。目錄二用功能失活策略鑒定基因功能基因功能失活策略的本質是將細胞或個體的基因功能部分或全部失活后,通過觀察細胞生物學行為或個體遺傳性狀表型的變化來鑒定基因的功能。方法基因敲除基因沉默目錄基因敲除屬于基因打靶技術的種,其利用同源重組的原理,在細胞中定點破壞內源基因,然后利用細胞發育的全能性,獲得帶有預定基因缺陷的雜合子,通過遺傳育種最終獲得目的基因缺陷的純合個體。用基因敲除技術使基因功能完全缺失條件性基因敲除可以更加明確地在時間和空間上操作基因靶位,敲除效果更加精確可靠,理論上可達到對任何基因在不同發育階段和不同器官組織的選擇性敲除。目錄目錄二用基因沉默技術可使基因功能部分缺失用干擾技術研究基因功能用技術研究基因功能用反義技術研究基因功能核酶技術利用能在短時間內高效特異地抑制靶基因表達的特點,可以很方便地研究基因的功能。通過與不完全互補配對結合而抑制翻譯,種可沉默多個靶基因。通過反義與細胞中的特異性結合,從而抑制相應的翻譯。核酶通過剪切靶分子而抑制基因的表達。目錄三用隨機突變篩選策略鑒定基因功能隨機突變篩選策略的第步是通過物理誘變化學誘變或生物技術產生大量的基因組突變。乙基亞硝基脲是種化學誘變劑,它通過對基因組堿基的烷基化修飾,誘導在復制時發生錯配而產生突變。它主要誘發單堿基突變,造成單個基因發生突變。的突變效率非常高?;虿东@技術也是種產生大規模隨機插入突變的便利手段,對于揭示基因序列所對應的基因功能具有重要的應用價值。目錄生物化學與分子生物學目錄第二十二章基因結構與功能分析技術目錄?人類的多種疾病都與基因的結構或功能異常有關,因此,要闡明疾病發生的分子機制和進行有效的診斷與防治,均需首先揭示基因的結構與功能。序列測定基因轉錄起點及其啟動子的分析基因編碼序列的分析基因拷貝數及其表達產物的分析基因功能獲得和或缺失策略隨機突變篩選策略目錄第節基因結構分析技術目錄基因級結構解析技術基因的級結構是指脫氧核苷酸的排列順序,解析級結構最精確的技術就是測序。目錄雙脫氧法和化學降解法是兩種常規的測序方法雙脫氧測序法目錄化學降解測序法目錄二全自動激光熒光測序技術的原理基于雙脫氧法四色熒光法采用四種不同的熒光染料標記同引物或種不同的終止底物,最終結果均相當于賦予片段種不同的顏色。因此,個樣品的個反應產物可在同個泳道內電泳。單色熒光法采用單熒光染料標記引物端或,所有產物的末端均帶上了同種熒光標記,個樣品的四個反應必須分別進行,相應產物也必須在四個不同的泳道內電泳目錄三焦磷酸測序是種基于發光法測定焦磷酸的測序技術焦磷酸測序技術操作簡單,結果準確可靠,可應用于單核苷酸多態性位點分析等位基因頻率測定細菌和病毒等微生物的分型鑒定甲基化分析掃描與疾病相關基因序列中的突變點等領域。該方法的測序長度般短于法。目錄四循環芯片測序被稱為第二代測序技術循環芯片測序可實現大規模并行化分析不需電泳,設備易于微型化樣本和試劑的消耗量降低,降低了測序成本優勢技術平臺測序測序測序測序等。目錄基本流程將基因組隨機切割成為小片段在所獲小片段分子的末端連上接頭,然后變性得到單鏈模板文庫將帶接頭的單鏈小片段文庫固定于固體表面對固定片段進行克隆擴增,從而制成芯片。針對芯片上的,利用聚合酶或連接酶進行系列循環反應,通過讀取堿基連接到鏈過程中釋放出的光學信號而間接確定堿基序列。目錄五單分子測序技術被稱為第三代測序技術主要策略通過摻入并檢測熒光標記的核苷酸,來實現單分子測序,如單分子實時技術利用聚合酶在合成時的天然化學方式來實現單分子測序直接讀取單分子序列信息。目錄二基因轉錄起點分析技術轉錄起點,用克隆直接測序法鑒定以為模板,經逆轉錄合成第鏈,同時利用逆轉錄酶的末端轉移酶活性,在第鏈的末端加上尾,并以此引導合成第二鏈。將雙鏈克隆于適宜載體,通過對克隆的?末端進行測序分析即可確定基因的序列。該方法比較簡單,尤其適于對特定基因的分析。但可導致?末端部分缺失,從而影響對的序列測定。目錄二用?末端快速擴增技術鑒定常用的技術包括?末端基因表達系列分析?,?和帽分析基因表達,技術。目錄三用數據庫搜索利用對寡核苷酸帽法構建的全長文庫?末端測序所得的數據信息建立了個數據庫并在此基礎上,通過將寡核苷酸帽法和大量平行測序技術相結合開發了種測序法,從而實現了次測試可產生個的數據。目錄三基因啟動子結構分析技術用結合測序技術分析啟動子結構該方法最為簡單和直接,即根據基因的啟動子序列,設計對引物,然后以法擴增啟動子,經測序分析啟動子序列結構。目錄二用核酸蛋白質相互作用技術分析啟動子結構用足跡法分析啟動子中潛在的調節蛋白結合位點足跡法是利用電泳條帶連續性中斷的圖譜特點判斷與蛋白質結合的區域,它是研究核酸蛋白質相互作用的方法,而不是專門用于研究啟動子結構的方法。分類酶足跡法化學足跡法目錄用核酸酶進行足跡分析酶足跡法是利用酶處理蛋白質復合物

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